农业机械在生产还是在销售的过程中免税?

下列货物免征增值税:批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机。 也就是说农机在农机生产厂出厂销售时，按13％的税率征税。各级、各类农机经销机构（企业）将从生产厂购进的农机再销售时，是免征增值税的。也就是在农机生产环节征收增值税，销售环节免征增值税。

为什么农机销售公司要交销售额的千分之三的税?

财政部、国家税务总局财税字［1996］018号文件规定，对饲料、农膜、化肥、农药、农机、种子、种苗等农业生产资料免征增值税。但对农机有明确的界定，不能一概而论。对一般纳税人来说，农机经营免税，即适用13%的税率。部门不免税的适用17%的税率。对小规模纳税人来说，手续齐全，申请报批的免税。有部门不免税的，适用3%的征收率。你说的千分之三是什么税，应当没有这样的税率。

销售农产品的商贸企业适用税率问题

根据《财政部 国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》规定：
一、下列货物继续适用13%的增值税税率：
（一）农产品。农产品，是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。” 根据《财政部 国家税务总局关于印发的通知》（财税字〔1995〕52号）规定： “农业产品是指种植业、养殖业、林业、牧业、水产业生产的各种植物、动物的初级产品。农业产品的征税范围包括： 二、动物类 …… （二）畜牧产品 2.兽类、禽类和爬行类动物的肉产品，包括整块或者分割的鲜肉、冷藏或者冷冻肉、盐渍肉，兽类、禽类和爬行类动物的内脏、头、尾、蹄等组织。 各种兽类、禽类和爬行类动物的肉类生制品，如腊肉、腌肉、熏肉等，也属于本货物的征税范围。 各种肉类罐头、肉类熟制品，不属于本货物的征税范围。” 所以应该是适用于13%.

甲公司属于增值税一般纳税人，2015年2月销售机器设备900万元，同时又经营农机收入200万元。甲

一般是分别核算更好。因为批发零售农机是免税的。如果不分开核算，都必须按17%的税率计算销项税额。
分别核算：销项税额=900万元×17%，进项但只有机器设备900万元的进项可以抵扣。
不分别核算：销项税额=（900+200）万元×17%，进项税额两者都可以抵扣。
所以，一般情况下是分开核算比较划算，交的增值税少。但如果农机销售价小于进货价，不分别核算可以多抵扣，就另当别论了。