我们公司生产的农业机械产品，自己公司作为经销商销售机具，需不需要缴纳3%的增值税（本公司是小规模纳）

如果生产的农机属于免税范围，那么就要向税务机关申请免税资格后，才能免税。如果没有申请免税资格，即使是免税范围内的农机，也不免税。所以，建议分清核实免税范围后，向主管税务机关申请免税资格，批准后，正常申报，可免交增值税。

销售免征增值税的农机产品开零税率的普通发票吗

不是，根据《财政部关于减免和返还流转税的会计处理规定的通知》规定：农业产品必须属于“农产品销售发票”范围，取得发票方均可以计算进项税额，准予从销项税额中抵扣。参考文件二、自产农业产品开具销售发票的抵扣问题。
从事自产农产品销售的纳税人，可免征增值税，销售额不超过小规模标准的纳税人可领购、开具免税货物（劳务）发票；销售额超过小规模标准的纳税人，必须认定增值税一般纳税人，使用增值税防伪税控一机多票系统领购、开具增值税普通发票。
一、自产农业产品纳税人会计核算和纳税申报

《财政部关于减免和返还流转税的会计处理规定的通知》（财会〔1995〕6号）第二条规定“对于直接减免的增值税，借记应交税金—应交增值税（减免税款）科目，贷记补贴收入科目”。同时，增值税一般纳税人在“应交税金”科目下设置“应交增值税”明细科目，在“应交增值税”明细账中设置“进项税额”、“已交税额”、“销项税额”、“出口退税”、“进项转出”。

《条例》第十条规定“用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务”
的进项税额不得从销项税额中抵扣。因而超过小规模纳税人标准自产免税农业产品的增值税一般纳税人进项税额不可抵扣，故其取得的增值税进项税额，只能进入存货的成本，在进行增值税纳税时，其增值税一般纳税人申报表第12栏进项税额不进行填列。

二、自产农业产品开具销售发票的抵扣问题
《条例》第八条规定“购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算进项税额。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率”。因此，自产免税农业产品无论开具免税货物（劳务）发票，还是通过防伪税控系统开具增值税普通发票均属于“农产品销售发票”范围，取得发票方均可以计算进项税额，准予从销项税额中抵扣。